برای از بین بردن رذایل اخلاق، باید عیب‌هایی که در سه بخش وجود انسان به وجود آمده اصلاح و پاک شوند. به این شکل که در مرحله پایین آن، باید اعمال را اصلاح نمود و در مرحله بالاتر تفکر و اندیشه را پاک کرده و در مرحله بالاتر، قلب را از عیبها و حجاب‌ها پاک نمود. پاک شدن این سه بخش به روش خاصی است که در ادامه بیان می‌شود.
آنچه از بدن سر می‌زند اعمال انسان است که طبق تقسیم‌بندی فقهی، اعمال انسان عبارت‌اند از واجبات، محرمات، مستحبات، مکروهات و اعمال مباح. آنچه در تفکر و اندیشه انسان اتفاق می‌افتد عبارت است از دانستن و توجه کردن و آنچه در قلب و روح انسان اتفاق می‌افتد عبارت است از اخلاقیات و محبت‌ها.
پاکی از ظلمت و الهی شدن اعمال، این طور است که واجبات را انجام داده و محرمات یا گناهان را ترک کند، به انجام مستحبات و ترک مکروهات پرداخته و همه اعمال غیر الهی را الهی نماید. پاکی فکر به این صورت است که اعتقادات صحیح داشته و توهمات و خیالات باطل را کنار گذاشته و همه توجهات فرد، الهی شود. پاکی قلب و روح به این صورت است که همه محبت‌‌های غیر الهی کنار رفته و اخلاق بد ترک شده و اخلاق خوب به وجود آیند و در مراتب بالاتر، هر آنچه غیر خداست از قلب انسان خارج شود.
نهایت کمال انسان در جاری شدن خدا در وجود اوست؛ بنابراین مسیر تعالی و کمال انسان برقرار شدن ذکر در تمام بخش‌‌های وجود او جهت آمیخته شدن با خداست. بنابراین پاک شدن هر بخش از وجود انسان، با الهی شدن و استقرار ذکر در آن بخش می‌باشد.
سه بخش وجود انسان به این دلیل که سه لایه مختلف وجود انسان هستند و به دلیل ارتباطاتی که با هم دارند، با نسبت و حالت خاصی در ارتباط با یکدیگر به پاکی و تزکیه می‌رسند. بنابراین در نگاهی دقیق‌تر به کلیات پاک شدن ابعاد وجود انسان، قلب اصلی‌‌ترین بخش وجود انسان است و پاکی قلب که هدف نهایی برای پاک شدن کامل انسان است، به موازات و به همراه پاکی اعمال و تفکرات انسان صورت می‌گیرد و کسی می‌تواند به پاکی کامل قلب برسد که به پاکی اعمال و فکر رسیده باشد. چنین کسی باید قلب خود را از عیبها پاک کرده و اسماء و صفات الهی را در قلب خود جاری کند تا از ظلمت ر‌هایی یابد.
روش پاک کردن هر یک از این سه بخش با دیگری متفاوت است. برای پاک کردن اعمال، از آنجا که بدن انسان به طور کامل در اختیار خود انسان است باید از انجام اعمال ناشایست خودداری کرده و اعمال صحیح و الهی را انجام داد.
برای پاک کردن تفکر و اندیشه، از آنجا که در این بخش دو موضوع وجود دارد یکی « دانستن » و دیگری « توجه کردن»، فرد باید تعلیمات الهی و اعتقادات صحیح را فراگرفته و حقایق عالم را آن طور که هستند یاد بگیرد. برای پاکی توجه، باید هرگاه تفکرات منفی یا حساسیت‌های ذهنی بیجا و آزار دهنده برای فرد اتفاق می‌افتد با تمرکز فکر، از توجه به آنها منصرف شده و به امور مثبت و الهی توجه کند؛ یعنی ذهن خود را از امور منفی خالی کرده و از امور مثبت پُر کند.
پاکی فکر با پاکی عمل کامل‌تر شده و با قرار گرفتن انسان در مرحله پاک کردن قلب، تفکر انسان به کمال پاکی خود می‌رسد و از تخیلات باطل کاملاً خالی شده و به کمال عقلانیت که مرحله متعالی انسان است دست پیدا می‌کند.
برای پاکی قلب، از آنجا که در قلب انسان دو چیز وجود دارد یکی اخلاقیات و دیگری محبت‌ها، فرد باید رذایل اخلاق و محبت‌‌های غیر الهی را از بین ببرد. برای پاک کردن رذایل اخلاق از قلب، باید مخالف اقتضائات هر رذیله‌ای که مایل به انجامش است عمل کند. به عنوان مثال اقتضاء رذیله تکبر بزرگی فروشی به دیگران است بنابراین باید با دیگران با تواضع رفتار کند. در رذیله حرص به هر چیزی که حرص می‌زند باید با آرامش و عجله نکردن در به دست آورده آن چیز عمل کند. در رذیله حسد باید به فردی که حسد میورزد با احترام و ادب رفتار نماید.
برای از بین بردن محبت‌‌های غیر الهی نیز فرد باید برخلاف اقتضائات این گونه محبت‌ها عمل کند. به این ترتیب که به اموری که محبت دارد و محبتش نسبت به آنها الهی نیست توجه نکرده و با توجه کردن به امور الهی، آن محبت‌ها را از بین ببرد.
تفکرات و توجهات، دریچه قلب هستند. چنانچه از این دریچه امور غیر الهی و منفی عبور نکند به مرور زمان قلب انسان پاک می‌شود. از آنجا که فکر، هم بر قلب اثر می‌گذارد و هم بر عمل، چنانچه همه توجهات و تفکرات انسان الهی شوند غیر خدا به قلب او راه پیدا نکرده و به مرور زمان قلبش پاک می‌شود. با از بین رفتن بدی‌های اخلاق و محبت‌‌های غیر الهی، آرام آرام فضایل اخلاق و محبت خدا، قلب فرد را فراگرفته و به حضور قلب در محضر خدا و پاکی قلب از رذایل و ظلمت می‌رسد.
وقتی فرد اقدام به از بین بردن بدی‌های اخلاق می‌کند و عیوب حرص، تکبر، حسد و عجب را کنار می‌گذارد، در درون خود تغییرات اساسی احساس کرده و حس می‌کند که در حال تبدیل شدن به انسان دیگری است. این تغییر را دیگران نیز در رفتار او احساس می‌کنند. در این مسیر فرد حس می‌کند که در قلب او اطمینان، آرامش، عزتِ نفس، کرامت نفس و ارتباط قلبی او با خدا، افزایش یافته و وجود او با این حالاتِ متعالی، اداره می‌شود. احساس می‌کند که ذکر و حضور قلب در او جریان یافته و امور مادی و معنوی خود را با نوری که در قلبش به وجود آمده انجام می‌دهد و هیچ عملی را انجام نمی‌دهد که با آن نور مخالف باشد. احساس می‌کند که خوشایند‌ها و ناخوشایند‌ها در او تغییر کرده و امور دیگری غیر از آنچه عموم مردم به آن اهمیت می‌دهند برای او اهمیت دارد؛ یعنی امور مادی برای او کم اهمیت شده و امور الهی و فضائل اخلاق برای او مهم هستند بنابراین تصمیماتش را بر مبنای الهی می‌گیرد.
